Secara umum keadaan Geografis Daerah Istimewa Yogyakarta terdiri dari daerah dataran yang berada pada kaki gunung Merapi pada ketinggian 900 meter di atas permukaan permukaan air laut dan miring kearah Selatan sampai di daerah pantai Samudera Indonesia yang lazimnya disebut sebagai pantai Laut Selatan ( dalam Bahasa Jawa: Segara Kidul). Untuk selanjutnya daearah yang terdiri dari gunung atau pegunungan yaitu lereng Merapi di Utara, pegunungan Menoreh di Bagian Barat, dan pegunungan Selatan yakni Gunung Kidul, di bagian sebelah Tenggara yang disebut dengan pegunungan Seribu.
Tepatnya di daerah pegunungan Menoreh dapat dijumpai daerah wisata Gua Kiskendo, Suralaya dan Gua Sumitro dan untuk yang disebelah Tenggara pegunungan Menoreh didapati daerah perbukitan Sentolo yang meluas sampai wilayah Bantul. Wilayah tersebut pernah menjadi ajang dari pertempuran Diponegoro melawan Belanda.
Pegunungan Gunung Kidul pada bagian sebelah Selatan yang sering juga disebut sebagai Gunung Seribu , karena terdiri dari bukit-bukit kecil yang jumlahnya amat banyak sebagai kelaziman kenampakan daerah-daerah kapur (daerah karst). Pada daerah karst ini dapat dijumpai sungai-sungai di bawah tanah dan telaga-telaga yang disebut dolin. Sungai di bawah tanah yang terletak di gua-gua di lengkapi dengan stalaktit dan stalagmit.
Di Daerah Gunung Kidul dapat dijumpai juga banyaknya hasil-hasil penghijauan hutan yang dapat dilihat dalam rangka usaha pengawetan dan pelestarian sumber-sumber air. Di daerah Gunung Seribu, dapat pula dilihat teras-teras batu yang dibuat oleh penduduk yang merupakan corak perpaduan panorama dari daerah karst. Sedangkan di bagian Utara dari Gunung Kidul di daerah Nglanggeran dapat dijumpai kenampakan singkap batuan intrusi yang nampak sangat besar dan indah yang kini di sebut Gunung Kelir.
Untuk wilayah lainnya ada daratan pantai yang kebanyakan berpasir dan memiliki bukit-bukit pasir dune yang karena luasnya maka sering dipakai sebagai tempat lokasi pembuatan film-film yang bernafaskan ajaran Islam yang merupakan padang pasir.
Di daerah pegunungan lereng Gunung Merapi tepatnya disekitar daerah rekreasi Kaliurang dapat dijumpai hutan hujan tropis (tropical rain forest). Hutan ini banyak dihuni oleh satwa liar seperti kera, ayam alas (ayam hutan), babi hutan dan berbagai jenis burung . berdasarkan penelitian terhadap hutan ini nampaknya masih terdapat juga harimau tutul yang pada masa sekarang tergolong satwa langka.
Pantai-pantai di wilayah Daerah Yogyakarta banyak yang memiliki pasir putih seperti di pantai Kukup Wediombo, Krakal dan Sadeng, di daerah Kabupaten Gunung Kidul. Pasir tersebut berasal dari pecahan batu karang dan pecahan kulit binatang laut seperti jenis kerang-kerang.
Nampaknya keadaan laut lain di dunia ini, laut Selatan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan bagian dari Samudera Indonesia banyak dihuni oleh berbagai jenis ikan dan binatang laut lain. Namun patut kiranya dicatat bahwa di pantai Krakal dan Kukup banyak dihuni oleh berjenis-jenis ikan hias air laut, maupun biota laut lain, yang ternyata kini telah langka, diantaranya penyu hijau yang sangat perlu dijaga kelestariannya. Di perairan pantai Krakal ini juga terdapat sebuah gugusan pulau kecil yang ditumbuhi oleh berbagai sejenis perdu yang disebut pohon “Drini”. Jenis perdu semacam ini sulit di dapat didaerah lain, dan konon memiliki tuah sebagai sarana pengusiran ular dan jenis serangga berbisa.
Pantai di daerah Rongkop yang terletak di ujung timur Daerah Istimewa Yogyakarta terdapat goa-goa karang yang merupakan tempat tinggal burung lawet, yaitu sejenis burung camar laut yang mampu membuat sarangnya dari titik-titik air liurnya. Sarang tersebut merupakan sejenis bahan makanan yang lezat yang banyak dihidangkan dirumah-rumah makan besar.